Die Ammer ist mit Ausnahme des Bereichs von Oberammergau – Unterammergau noch ein weitgehend natürlicher Wildfluss. Besonders sehenswert sind die Ammerquellen mit den Quellflüssen im Weidmoos und die imposante Ammerschlucht mit dem Felsdurchbruch Scheibum. Auch die zur Ammer zufließenden Wildbäche zeugen mit eindrücklichen Wasserfällen, heimeligen Gumpen und großen Schotterflächen von der Urgewalt der Natur.
Zusammen mit den Fischereivereinen im Naturpark hat das Team Ammertal die Ammer von Müll befreit.